[Tai]

come to seeとcome and seeはどちらともよく使われますが、andのほうがくだけた表現となります。ニュアンスの違いはありません。

[Tai]

are goneとhas goneは同じニュアンスです。

どちらとも、今もその食べ物がない状態を表します。

会話ではare goneを使うネイティブが多いです。

[Tai]

「At 大学名」は「通っている」と「〜にいる」の2つの意味を表せます。

どちらの意味になるかは文脈次第です。

[Tai]

angry at / overなど色々な前置詞がありますが、ニュアンスの違いはネイティブによって意見が異なったりします。

そのため、私たちノンネイティブが使う際は、自分であればどの前置詞が一番発想しやすいかだけを考えれば問題ありません。